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恩施黑猪基因组群体遗传学参数的估计与选择信号研究 预览
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作者 吴林慧 孙琦 +5 位作者 王荔茹 张凯丽 谢胜松 李新云 赵书红 马云龙 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期485-494,共10页
旨在调查恩施黑猪基因组群体遗传学参数与选择信号。本研究利用Porcine 80K SNP芯片,通过计算亲缘系数、近交系数、连锁不平衡程度与有效群体大小等群体遗传学层面的参数评估恩施黑猪种群结构关系,运用CLR和iHS方法检测恩施黑猪基因组... 旨在调查恩施黑猪基因组群体遗传学参数与选择信号。本研究利用Porcine 80K SNP芯片,通过计算亲缘系数、近交系数、连锁不平衡程度与有效群体大小等群体遗传学层面的参数评估恩施黑猪种群结构关系,运用CLR和iHS方法检测恩施黑猪基因组选择信号,并通过生物信息学分析揭示其潜在受选择基因。亲缘系数计算发现,咸丰县恩施黑猪个体间平均亲缘系数为0.12;近交系数计算表明,16%的样本近交系数大于0.125,存在明显近交累积。此外,本研究构建了恩施黑猪全基因组连锁不平衡图谱;利用连锁不平衡信息,恩施黑猪估计历史有效群体大小呈现逐代下降趋势,其中5世代前有效群体大小约为25头。基于CLR方法共检测到126个显著选择信号候选区域,总长约为51.6Mb,占基因组总长的2.1%。利用iHS方法,共发现248个显著选择信号候选区域,长度约为78.78Mb,约占基因组总长的3.2%。富集分析表明,与选择信号区域重叠的LPAR2、NDUFA13、MEF2B、AHR基因分别与胴体长度(滴水损失)、精子形成、骨骼肌分化和总产仔数相关。研究表明,现存恩施黑猪群体血统较窄,近交累积严重,有效群体大小较小,并呈现继续缩小的趋势。选择信号分析揭示的一系列潜在受选择基因能够为未来恩施黑猪的遗传改良提供一定的参考依据。 展开更多
关键词 恩施黑猪 亲缘系数 近交系数 连锁不平衡 有效群体大小 选择信号
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畜禽选择信号检测方法及其统计学问题 预览 被引量:1
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作者 薛周舣源 宋显威 +5 位作者 吴林慧 王露珍 崔家安 孙章健 张政 马云龙 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期1099-1107,共9页
畜禽选择信号的研究随着基因组大数据的爆发式增长,已经成为目前畜禽群体遗传学研究与重要经济性状基因定位的一个重要手段。使用恰当的选择信号方法,了解选择信号检测中的统计学问题,对于准确解析畜禽适应性进化的潜在遗传机制,精细定... 畜禽选择信号的研究随着基因组大数据的爆发式增长,已经成为目前畜禽群体遗传学研究与重要经济性状基因定位的一个重要手段。使用恰当的选择信号方法,了解选择信号检测中的统计学问题,对于准确解析畜禽适应性进化的潜在遗传机制,精细定位重要经济性状的候选基因具有重要的意义。围绕畜禽基因组选择信号研究概况,本文对选择信号的概念、检验统计量类别、畜禽选择信号检测的影响因素及相关统计学问题进行了综述,以期为进一步拓展选择信号的研究思路提供参考。 展开更多
关键词 畜禽 选择信号 统计学问题
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鸡全基因组选择信号筛选研究进展 预览
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作者 王志鹏 景军红 周萌 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期100-106,共7页
人工选择对家鸡驯化及品种形成具有重要作用,基因组上留有选择痕迹。随着基因组技术和选择信号检测方法完善,在基因组上检测选择信号成为进化生物学领域研究热点。文章主要描述选择信号定义,总结检测选择信号的重要统计方法,分析鸡... 人工选择对家鸡驯化及品种形成具有重要作用,基因组上留有选择痕迹。随着基因组技术和选择信号检测方法完善,在基因组上检测选择信号成为进化生物学领域研究热点。文章主要描述选择信号定义,总结检测选择信号的重要统计方法,分析鸡基因组选择信号检测结果,以期为鸡全基因组领域研究提供参考。 展开更多
关键词 基因组 选择信号
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不同尾型绵羊全基因组选择信号检测 预览 被引量:7
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作者 刘真 王慧华 +6 位作者 刘瑞凿 吴明明 张淑珍 张莉 赵福平 杜立新 魏彩虹 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1721-1732,共12页
为研究不同尾型绵羊群体遗传分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘不同尾型绵羊重要性状相关的候选基因。本研究基于蒙古羊(短脂尾)和藏羊(瘦尾)群体的Illumina Ovine SNP 50K芯片分型数据,借助遗传分化系数FST法进行群体间选择信号检... 为研究不同尾型绵羊群体遗传分化程度,检测全基因组选择信号,以挖掘不同尾型绵羊重要性状相关的候选基因。本研究基于蒙古羊(短脂尾)和藏羊(瘦尾)群体的Illumina Ovine SNP 50K芯片分型数据,借助遗传分化系数FST法进行群体间选择信号检测,寻找选择信号区域内的重要基因,并对其中与脂肪代谢相关的基因PPARG、PDGFD在呼伦贝尔羊(大尾和小尾品系;肥尾)与藏羊(瘦尾)尾脂进行mRNA相对表达量研究。结果,(1)465个SNPs被选择,基因注释找到448个候选基因,筛选到50个与脂类代谢相关的基因,GO功能富集分析发现,主要富集在脂类生物合成过程、磷脂代谢、脂质结合等条目,此外发现4个基因(PPARG、RXRG、SLC27A2和ACSL6)富集到PPAR信号通路。(2)肥瘦尾之间,呼伦贝尔羊(大尾和小尾品系)PPARG和PDGFD基因表达量均显著高于藏羊(P<0.01),而大小肥尾之间,呼伦贝尔羊大尾品系PPARG基因表达量显著高于小尾品系(P<0.05),PDGFD基因表达量则无明显差异。通过FST法有效检测到受选择的基因,部分与绵羊重要性状相关,相对定量试验证明PPARG和PDGFD基因与尾部脂肪沉积密切相关,可以作为尾型选育的候选基因,为绵羊育种及改良提供重要参考。 展开更多
关键词 全基因组 选择信号 候选基因 脂肪沉积 群体分化指数(FST)
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德保矮马X染色体选择信号筛选 预览
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作者 刘雪雪 阿地力江·卡德尔 +6 位作者 董坤哲 王月月 潘建飞 浦亚斌 何晓红 马月辉 蒋琳 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2161-2168,共8页
旨在对德保矮马(Debao pony)X染色体的选择信号进行筛选。本研究利用Illumina公司开发的马芯片Equine 65KSNP BeadChip,对德保矮马、伊犁马、蒙古马进行X染色体扫描,获得2 339个SNPs位点。通过群体分化系数FST法和XP-EHH两种不同的方法... 旨在对德保矮马(Debao pony)X染色体的选择信号进行筛选。本研究利用Illumina公司开发的马芯片Equine 65KSNP BeadChip,对德保矮马、伊犁马、蒙古马进行X染色体扫描,获得2 339个SNPs位点。通过群体分化系数FST法和XP-EHH两种不同的方法,分别以伊犁马和蒙古马为对照群体对德保矮马进行X染色体选择信号检测。结果,筛选到两个受到较强选择区域4.0~39.9和87.1~123.5Mb,包含64个'离群位点'。通过基因注释筛选到PHEX、BCOR、PNPLA4和GPC3等与生长和骨骼发育相关的基因。研究结果发现,德保矮马的选育过程中X染色体很多与生长相关的基因受到了强烈的选择,其中部分在马中未见报道,可以作为研究矮小性状的重要候选基因。 展开更多
关键词 德保矮马 FST XP-EHH X染色体 选择信号
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基于群体分化指数FST的绵羊全基因组选择信号检测 预览 被引量:7
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作者 曾滔 赵福平 +6 位作者 王光凯 吴明明 魏彩虹 张莉 李利 张红平 杜立新 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1891-1899,共9页
本研究基于苏尼特羊(n=66)、德国肉用美利奴羊(n=159)和杜泊羊(n=93)3个群体的Illumina OvineSNP50芯片分型数据,借助群体分化指数F_ST法进行群体间选择信号的检测分析,应用生物信息学方法分析寻找选择信号区域内的重要基因。... 本研究基于苏尼特羊(n=66)、德国肉用美利奴羊(n=159)和杜泊羊(n=93)3个群体的Illumina OvineSNP50芯片分型数据,借助群体分化指数F_ST法进行群体间选择信号的检测分析,应用生物信息学方法分析寻找选择信号区域内的重要基因。结果,共找到343个“离群”位点,通过基因注释找到这些位点对应的365个候选基因。其中部分基因与绵羊生长、繁殖及肉质性状相关,如IGF2PB3、IGFlR、BMP2、BMPRlB、CAPN3等,本研究结果也进一步验证了前期利用CNV和GWAS研究检测到的基因结果。通过GO分析发现,这些基因主要富集在新陈代谢和去甲基化等条目。通过群体分化指数F_ST能有效地检测到具有选择信号的基因,其中包括绵羊部分重要经济性状的候选基因,研究结果能为绵羊的育种提供参考。 展开更多
关键词 绵羊基因组 选择信号 候选基因 群体分化指数(F_ST )
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利用高密度SNP检测不同猪品种间X染色体选择信号 预览 被引量:5
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作者 马云龙 张勤 丁向东 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1251-1260,共10页
在家猪的培育过程中,许多重要的经济性状受到过高强度的人工选择,高密度SNP标记为通过选择信号检测追踪这些性状经历的选择提供了可能,并能根据选择信号利用生物信息学寻找到与选择相关的基因。X染色体由于其特殊性,在传统的遗传分析中... 在家猪的培育过程中,许多重要的经济性状受到过高强度的人工选择,高密度SNP标记为通过选择信号检测追踪这些性状经历的选择提供了可能,并能根据选择信号利用生物信息学寻找到与选择相关的基因。X染色体由于其特殊性,在传统的遗传分析中许多针对常染色体的方法往往不适用,需要采取特殊的方法,选择信号检测可以作为一种行之有效的方法对X染色体进行分析。文章利用长白、松辽黑猪和大白3个猪品种,通过品种间选择信号检测方法 XP-EHH,利用高密度SNP标记对X染色体进行选择信号检测,并通过生物信息学分析寻找选择信号区域内重要基因。在长白、松辽黑猪和大白3个品种中分别检测出29、13和15个选择信号区域,每个选择信号区域平均包含3.59、4.92、4.07个SNPs,长白和松辽黑猪、长白和大白有部分重叠选择信号区域,大白和松辽黑猪没有发现重叠选择信号区域。生物信息学分析发现各品种选择信号区域内有与繁殖、免疫等性状相关基因,其中部分在猪中尚未见报道,可作为研究猪相关性状的重要候选基因。 展开更多
关键词 X染色体 选择信号
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