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新型数据管理系统研究进展与趋势 预览 被引量:1
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作者 崔斌 高军 +3 位作者 童咏昕 许建秋 张东祥 邹磊 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2019年第1期164-193,共30页
随着各类新型计算技术和新兴应用领域的浮现,传统数据库技术面临新的挑战,正在从适用常规应用的单一处理方法逐步转为面向各类特殊应用的多种数据处理方式.分析并展望了新型数据管理系统的研究进展和趋势,涵盖分布式数据库、图数据库、... 随着各类新型计算技术和新兴应用领域的浮现,传统数据库技术面临新的挑战,正在从适用常规应用的单一处理方法逐步转为面向各类特殊应用的多种数据处理方式.分析并展望了新型数据管理系统的研究进展和趋势,涵盖分布式数据库、图数据库、流数据库、时空数据库和众包数据库等多个领域.具体而言:分布式数据管理技术是支持可扩展的海量数据处理的关键技术;以社交网络为代表的大规模图结构数据的处理需求带来了图数据库技术的发展;流数据管理技术用来应对数据动态变化的管理需求;时空数据库主要用于支持移动对象管理;对多源、异构而且劣质数据源的集成需求催生出新型的众包数据库技术.最后讨论了新型数据库管理系统的未来发展趋势. 展开更多
关键词 分布式数据库 图数据库 流数据库 时空数据库 众包数据库
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面向DevOps的软件工程新技术专题前言 预览
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作者 荣国平 白晓颖 岳涛 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2019年第10期3054-3055,共2页
软件互联网化和服务化,催生并促进了持续软件工程(continuous software engineering)的发展,即要求软件系统持续在线演化的同时,还需要始终保证高可用性,不受系统功能的添加或者更新的影响.软件系统的复杂性日益提升,质量和安全要求越... 软件互联网化和服务化,催生并促进了持续软件工程(continuous software engineering)的发展,即要求软件系统持续在线演化的同时,还需要始终保证高可用性,不受系统功能的添加或者更新的影响.软件系统的复杂性日益提升,质量和安全要求越来越高,功能更新越来越快,传统上软件系统开发和运维割裂、各阶段开发活动及团队相互独立的方式显然已经无法胜任互联网模式下的软件应用形态变化和发展需求.DevOps 由此应运而生.当前,热门的微服务软件体系架构、云计算基础架构、持续集成与持续部署、程序行为分析、大数据分析、智能运维等技术,为DevOps 的实现创造了技术条件.有鉴于此,我们组织了本专题,重点关注DevOps 这种新型软件开发和运维方式各个环节的方法、技术以及支持工具等. 展开更多
关键词 软件工程 技术条件 软件系统开发 软件体系架构 大数据分析 高可用性 安全要求 形态变化
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基于改进蚁群优化算法的云计算调度方法 预览
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作者 王恩重 陶传奇 《计算机与数字工程》 2019年第4期743-747,793共6页
云计算以其可伸缩性、高可靠性、低成本以及按需服务等诸多特点吸引了无数研究人员和企业的关注,成为了当今时代的热门话题,云计算任务调度在云计算研究领域占有十分重要的地位。论文首先分析了当前云计算任务调度现状,并对任务调度中... 云计算以其可伸缩性、高可靠性、低成本以及按需服务等诸多特点吸引了无数研究人员和企业的关注,成为了当今时代的热门话题,云计算任务调度在云计算研究领域占有十分重要的地位。论文首先分析了当前云计算任务调度现状,并对任务调度中常用的蚁群算法进行了描述,同时针对传统蚁群算法在云计算任务调度中的不足,提出了基于改进蚁群优化算法的云计算调度方法,在信息素更新和信息素挥发两个方面对蚁群算法进行了改进。最后使用CloudSim进行实验,对算法的可行性进行了分析和验证。 展开更多
关键词 云计算 任务调度 蚁群优化算法 CloudSim
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API文档缺陷自动检测和修复方法 预览
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作者 王长志 周宇 闫鑫 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2019年第9期2686-2690,共5页
为了完善应用程序编程接口(application programming interface,API)文档,提出了基于程序静态分析和自然语言处理的自动检测和修复API文档缺陷的方法。该方法能够自动检测和修复API文档缺陷。实验中缺陷检测结果的准确率和召回率分别达... 为了完善应用程序编程接口(application programming interface,API)文档,提出了基于程序静态分析和自然语言处理的自动检测和修复API文档缺陷的方法。该方法能够自动检测和修复API文档缺陷。实验中缺陷检测结果的准确率和召回率分别达到74. 6%和81. 4%,能够较为准确地检测到Java API的文档缺陷。在进一步的实验中还对API文档的修复功能进行了评估,结果表明生成的文档正确且简洁,可以有效地修复API文档缺陷。 展开更多
关键词 JAVA API文档 程序异常 修复建议
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基于高斯过程回归的连续式风洞马赫数控制 预览
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作者 高赫 刘学军 +1 位作者 郭晋 吕宏强 《空气动力学学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期480-487,共8页
在风洞实验中保持实验段马赫数的稳定对实验的成功具有重要意义。传统的PID控制算法具有一定时滞性,不能满足连续变迎角实验模式下马赫数的控制精度要求。针对这一缺陷,提出了一种基于高斯过程回归的前馈控制策略,结合PID控制器共同完... 在风洞实验中保持实验段马赫数的稳定对实验的成功具有重要意义。传统的PID控制算法具有一定时滞性,不能满足连续变迎角实验模式下马赫数的控制精度要求。针对这一缺陷,提出了一种基于高斯过程回归的前馈控制策略,结合PID控制器共同完成马赫数控制任务。首先,对原始数据执行了预处理操作,将数据集中的异常数据进行清洗并且对清洗后的数据进行标准化;其次,选取迎角、实时马赫数、实验段截面积作为高斯过程回归模型的输入,压缩机转速作为输出,采用随机划分数据集与分组划分数据集两种策略进行建模,并将高斯过程回归与常用回归模型的预测精度进行了比较;最后,给出了利用高斯过程回归预测结果及预测置信度进行PID反馈控制的方法。实验结果表明高斯过程回归对风洞实验数据具有很好的建模能力,基于高斯过程回归的前馈控制与PID结合的控制策略能够提高连续变迎角模式下的马赫数控制精度。 展开更多
关键词 风洞 马赫数控制 连续变迎角实验模式 高斯过程回归 预测 机器学习
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基于抽象解释的嵌入式软件模块化Cache行为分析框架 预览
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作者 喻垚慎 黄志球 +2 位作者 沈国华 王飞 崔少轩 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2019年第10期2251-2266,共16页
程序最坏执行时间(Worst Case Execution Time,WCET)是嵌入式实时系统时间属性验证的基础,在采用静态分析技术的WCET估算中需要分阶段对不同的执行环境约束条件进行分析,并整合所有约束信息、结合程序控制流结构估算全局最坏路径,因此... 程序最坏执行时间(Worst Case Execution Time,WCET)是嵌入式实时系统时间属性验证的基础,在采用静态分析技术的WCET估算中需要分阶段对不同的执行环境约束条件进行分析,并整合所有约束信息、结合程序控制流结构估算全局最坏路径,因此各阶段分析的中间结果对最终的WCET估算性能具有较大影响.在现代嵌入式系统中,硬件平台中的Cache机制成为对执行时间影响较大的硬件体系结构,对其进行精确的行为分析在WCET估算中具有重要的现实意义.采用抽象解释理论对Cache行为进行分析已有较为成熟的技术成果和相关工具,但由于静态分析技术具有较难理解和使用的特点,对于技术没有覆盖、工具没有支持的硬件架构,针对这类硬件架构进行相关研究和验证工具开发都具有较大难度和挑战.该文以抽象解释为理论基础,以复用Cache分析过程为目标,提出了基于抽象解释的模块化Cache行为分析框架,对Cache行为分析过程进行了层次划分,提出了易于复用的Cache行为分析方法设计,能够针对不同架构的Cache机制分析方法进行建模,并以统一的分析框架对分析过程进行复用.案例实验表明,该框架可支持采用抽象解释对使用LRU策略的Cache行为进行建模分析,并能够得到Cache命中情况标记信息以支持后续WCET的估算过程. 展开更多
关键词 嵌入式软件 Cache行为分析 静态代码分析 模块化分析 抽象解释
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嵌入偏序约简的状态事件线性时序逻辑验证 预览
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作者 谢健 阚双龙 +3 位作者 黄志球 王飞 杨志斌 李伟湋 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2019年第10期2145-2159,共15页
模型检验是硬件和软件形式化验证最成功的技术之一.目前大部分的模型检验技术是基于状态的而不考虑迁移上的操作和事件.这导致模型检验在验证使用事件进行交互的组件系统中面临新的困难,因此需要新的规约技术对状态事件系统进行规约.状... 模型检验是硬件和软件形式化验证最成功的技术之一.目前大部分的模型检验技术是基于状态的而不考虑迁移上的操作和事件.这导致模型检验在验证使用事件进行交互的组件系统中面临新的困难,因此需要新的规约技术对状态事件系统进行规约.状态事件线性时序逻辑(State/Event Linear Temporal Logic,SE-LTL)给出了一种简洁和直接的方式表达包含状态和事件的系统属性.在SE-LTL中,状态和事件都可以作为原子命题.基于自动机理论的线性时序逻辑(Linear Temporal Logic,LTL)模型检验可以被用来对SE-LTL属性进行验证.然而SE-LTL属性在经典的stutter等价(stutter-equivalent)下无法保持,所以最有效的并发程序状态约简技术:偏序约简技术(Partial Order Reduction,POR)不能直接应用于SE-LTL的验证.该文提出一种新的方法利用已有的偏序约简技术对SE-LTL验证过程的状态空间进行约简.该方法分为两个部分:第一个部分是针对SE-LTL不带NEXT算子的约简方法;第二部分则是带NEXT算子的约简方法.第一部分的主要思想是从一个Büchi自动机(Automata,BA)中抽取出“状态部分”.“状态部分”的含义是该部分只与系统的状态相关.基于“状态部分”,给出关于BA和标签Kripke结构(Labeled Kripke Structure)的同步乘,并在同步乘的构造过程中嵌入偏序约简技术,从而约简同步乘的状态空间,即该文的约简技术是on-the-fly的.嵌入的偏序约简在已有的偏序约简基础上,面向SE-LTL公式中的事件引入新的可见操作的识别方法.为了能够将偏序约简技术应用到所有的SE-LTL公式,该文同时给出验证SE-LTL带NEXT算子的偏序约简算法.NEXT算子是偏序约简的另一个主要障碍.该部分是文中的第二部分工作.该部分的技术依然是on-the-fly的,并且需要与状态部分的识别相结合.通过将该文技术实现到SPIN模型检验器中对已有的模型进行验证.Spin是针对LTL的� 展开更多
关键词 偏序约简 状态事件线性时序逻辑 模型检验 同步乘 标签Kripke结构
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动态数据流分析的在线超限学习算法综述 预览
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作者 郭威 于建江 +1 位作者 汤克明 徐涛 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2019年第4期1-7,共7页
动态数据流分析是一个具有广泛应用价值的研究课题,在线学习方法是其中的一种关键技术。在众多在线学习方法中,在线贯序超限学习机(Online Sequential Extreme Learning Machine,OSELM)是一种新颖且实用的在线学习算法,目前已在动态数... 动态数据流分析是一个具有广泛应用价值的研究课题,在线学习方法是其中的一种关键技术。在众多在线学习方法中,在线贯序超限学习机(Online Sequential Extreme Learning Machine,OSELM)是一种新颖且实用的在线学习算法,目前已在动态数据流分析中得到了成功应用。首先,介绍了OSELM的理论基础和算法执行过程;然后,以动态数据流分析为应用背景,对各种改进OSELM算法进行了分类综述,包括基于滑动窗口的OSELM、基于遗忘因子的OSELM、基于样本加权的OSELM以及其他方法,重点论述了各类算法的设计思路和实现策略,并对其优缺点进行了比较和分析;最后,探讨了值得进一步研究的问题。 展开更多
关键词 在线贯序超限学习机 动态数据流分析 滑动窗口 遗忘因子 样本加权
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基于布谷鸟搜索算法参数优化的组合核极限学习机 预览
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作者 张森悦 谭文安 王楠 《吉林大学学报:理学版》 CAS 北大核心 2019年第5期1185-1192,共8页
针对单核极限学习机在泛化性能上存在一定局限性的问题,提出将再生核函数与多项式核函数相结合,建立一种新的组合核极限学习机模型,使其具有全局核与局部核的优点,并选择布谷鸟搜索算法对其参数进行优化选择.仿真实验结果表明,采用基于... 针对单核极限学习机在泛化性能上存在一定局限性的问题,提出将再生核函数与多项式核函数相结合,建立一种新的组合核极限学习机模型,使其具有全局核与局部核的优点,并选择布谷鸟搜索算法对其参数进行优化选择.仿真实验结果表明,采用基于再生核的组合核函数作为极限学习机的核函数可行,在实验数据集的多值分类和回归问题上,与传统支持向量机及单核极限学习机相比,该模型具有更好的泛化性能. 展开更多
关键词 布谷鸟搜索算法 核极限学习机 组合核函数
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基于UML类图的模糊时空数据建模 预览
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作者 陈旭 严丽 +1 位作者 马宗民 李卫军 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2019年第2期481-485,共5页
模糊性广泛存在于时空应用领域,现有的时空数据模型缺乏描述和表达模糊时空对象内在机制和语义关系的能力。通过研究模糊时空数据语义,给出了模糊时空数据模型的形式化定义,在此基础上对UML类图进行扩展,提出一种模糊时空UML数据模型,... 模糊性广泛存在于时空应用领域,现有的时空数据模型缺乏描述和表达模糊时空对象内在机制和语义关系的能力。通过研究模糊时空数据语义,给出了模糊时空数据模型的形式化定义,在此基础上对UML类图进行扩展,提出一种模糊时空UML数据模型,并用例子说明了模糊时空数据模型的可用性。 展开更多
关键词 模糊时空数据 UML类图模型 建模
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基于流体仿真的椭球型树冠抗风性能研究 预览
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作者 徐风 黄笑 +2 位作者 顾一凡 云挺 薛联凤 《林业工程学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期125-131,共7页
近年来,随着全球气候频繁变化,台风等极端灾害性天气发生频率加剧,森林正面临着潜在的巨大损害。台风产生的风压、风速、湍流强度施加于林木上,使得林木风倒频繁发生。因此,研究树木的抗风性能有着重要意义。使用计算机仿真数值模拟方... 近年来,随着全球气候频繁变化,台风等极端灾害性天气发生频率加剧,森林正面临着潜在的巨大损害。台风产生的风压、风速、湍流强度施加于林木上,使得林木风倒频繁发生。因此,研究树木的抗风性能有着重要意义。使用计算机仿真数值模拟方法对流场在林分中的运动进行求取,主要方法如下:首先通过GAMBIT对三维树冠进行树木建模并进行网格划分,其次使用标准 k-ε方程组对三维树冠的流场分布进行模拟。最后通过模拟计算得到不同叶面积指数对应的树冠周围压力场、风速、湍动能分布。结果表明:对于单株树,当树冠孔隙度从0.25变化到0.75,即叶面积指数从2.77变化到0.58时,冠内风速在树冠内的波动幅度从8.0m/s下降到4.0m/s,树冠内压力的波动幅度从229.0 Pa下降到到143.5 Pa,湍流强度的波动幅度从6.03%降到3.40%;对于林冠来说,当孔隙度从0.25变化到0.75,即叶面积指数从2.77变化到0.58时,在林冠前后的风速差从17.67m/s变化为15.89m/s,压力差从180.38 Pa变化到117.38 Pa,湍流强度的变化幅度从4.0%变化到2.4%。由于树冠前后压差过大和树冠内风速差过大会导致树的结构遭到破坏,因此,越稀疏的林冠,抗风性能越好。 展开更多
关键词 计算机仿真 数值计算 林木抗风性能分析 空气动力学
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基于动态故障树的航空发动机可靠性分析方法研究 预览
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作者 宛伟健 谢健 葛晓瑜 《计算技术与自动化》 2019年第2期1-7,共7页
随着航空发动机技术的不断发展,对其性能要求不断提高,使得航空发动机的安全性和可靠性变得愈发重要。然而,当前针对航空发动机的可靠性分析方法较少考虑系统失效时的动态特性,面向《航空发动机适航规定》(CCAR33-R2),考虑航空发动机危... 随着航空发动机技术的不断发展,对其性能要求不断提高,使得航空发动机的安全性和可靠性变得愈发重要。然而,当前针对航空发动机的可靠性分析方法较少考虑系统失效时的动态特性,面向《航空发动机适航规定》(CCAR33-R2),考虑航空发动机危害性发动机后果发生时系统的动态特性,提出了一种将动态故障树和概率模型检测相结合的可靠性分析方法,对航空发动机的可靠性进行分析。首先,通过动态故障树对航空发动机的动态行为进行建模,并将其转换到离散时间马尔科夫链模型;然后基于概率模型检测语言PRISM对离散时间马尔科夫链模型进行描述,并利用相应工具进行定量分析,将顶事件发生概率和《CCAR33-R2.75》条款规定的故障发生概率比较,验证航空发动机是否符合《CCAR33-R2.75》条款安全性要求;最后对某型航空涡轮发动机进行实例建模分析,验证所提方法的正确性与可行性。 展开更多
关键词 CCAR33-R2.75 动态故障树 离散时间马尔科夫链 概率模型检测 PRISM
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一种基于GO图的故障树自动生成方法
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作者 宛伟健 黄志球 +1 位作者 沈国华 尹小花 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2019年第8期1775-1780,共6页
故障树作为一种重要的安全性和可靠性分析方法,被广泛应用于工业界.然而,针对大型复杂系统的故障树建模,传统的基于手工构建的方式存在建模周期长、对建模者要求较高且容易发生遗漏和错误等缺点.而GO图由于其与系统功能原理图的相似性... 故障树作为一种重要的安全性和可靠性分析方法,被广泛应用于工业界.然而,针对大型复杂系统的故障树建模,传统的基于手工构建的方式存在建模周期长、对建模者要求较高且容易发生遗漏和错误等缺点.而GO图由于其与系统功能原理图的相似性易于构建.因此,基于系统GO图,提出一种故障树自动生成方法.首先,定义操作符到故障树节点的语义映射规则;然后,根据定义的语义映射规则,提出一个自动转换算法,实现GO图到故障树的自动转换;并对生成的故障树进行简化,删除冗余的故障树逻辑门;最后,通过对机床液压系统的案例分析,验证该方法的正确性与可行性. 展开更多
关键词 GO图 故障树 大型复杂系统 自动生成
ntyft/ntyxt算子下共变-异变模拟的前同余性 预览
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作者 李苏婷 张严 《计算机技术与发展》 2019年第9期40-44,134共6页
进程代数是刻画并发与交互式反应系统行为的重要模型之一,进程间的(互)模拟关系及其公理化以及结构化操作语义(structural operational semantics,SOS)理论是其重要的两个研究方向。共变-异变模拟(covariant-contravariant simulation,... 进程代数是刻画并发与交互式反应系统行为的重要模型之一,进程间的(互)模拟关系及其公理化以及结构化操作语义(structural operational semantics,SOS)理论是其重要的两个研究方向。共变-异变模拟(covariant-contravariant simulation,CC-模拟)是(互)模拟关系概念的推广,它对动作进行区分,表达了状态的行为数目越多但并不一定越好的事实。行为关系的(前)同余性质在支持其形式规范的模块化构建和公理系统的推理方面具有重要意义。(前)同余性的证明需要根据进程代数语言中算子的SOS规则逐个验证。为了避免(前)同余性证明的重复劳动,学术界提出了多种类型的SOS规则的框架形式。ntyft/ntyxt规则形式是目前具有代表性的SOS规则框架形式之一。文中基于ntyft/ntyxt规则形式,提出了能满足CC-模拟前同余性的最大ntyft/ntyxt子类CC-ntyft/ntyxt规则形式,并证明了CC-模拟相对CC-ntyft/ntyxt算子的前同余性。 展开更多
关键词 结构化操作语义 共变-异变模拟 ntyft/ntyxt CC-ntyft/ntyxt 前同余性 分层 归约
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PUseqClust:一种RNA-seq数据聚类分析方法 预览
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作者 石险峰 刘学军 张礼 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2019年第9期2857-2868,共12页
基因的聚类分析是基因表达数据分析研究的重要技术,它按照表达谱相近原则将基因表达数据归类,探究未知的基因功能.近年来,RNA-seq 技术广泛应用于测量基因表达水平,产生了大量的读段数据,为基因表达聚类分析提供了充分条件.由于读段非... 基因的聚类分析是基因表达数据分析研究的重要技术,它按照表达谱相近原则将基因表达数据归类,探究未知的基因功能.近年来,RNA-seq 技术广泛应用于测量基因表达水平,产生了大量的读段数据,为基因表达聚类分析提供了充分条件.由于读段非均匀分布的特性,对读段计数一般采用负二项分布进行建模.现有的负二项分布算法和传统的聚类算法对于聚类分析都是直接对读段计数进行建模,没有充分考虑实验本身存在的各种噪声,以及基因表达水平测量的不确定性,或者对聚类中心的不确定性考虑不够.基于 PGSeq 模型,模拟读段的随机产生过程,采用拉普拉斯方法考虑多条件多重复基因表达水平之间的相关性,获得了基因表达水平的不确定性,联合混合 t 分布聚类模型,提出 PUseqClust(propagating uncertainty into RNA-seq clustering )框架进行 RNA-seq 读段数据的聚类分析.实验结果表明,该方法相比其他方法获得了更具生物意义的聚类结果. 展开更多
关键词 RNA-SEQ 聚类分析 负二项分布 拉普拉斯方法 混合t分布
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基于SPOC的混合式学习模式应用研究——以《软件测试技术》课程为例 预览
16
作者 朱二喜 徐敏 《太原城市职业技术学院学报》 2019年第5期120-123,共4页
基于SPOC的混合教学模式开辟了一条新的课程设计思路,规避了MOOC的不足,将线下课堂教学与线上学习有机结合。该模式以课程资源建设为基础,在MOOC等平台上开设SPOC课程进行线上学习,以及在线下教学中实施翻转课堂等教学形式,混合了自主... 基于SPOC的混合教学模式开辟了一条新的课程设计思路,规避了MOOC的不足,将线下课堂教学与线上学习有机结合。该模式以课程资源建设为基础,在MOOC等平台上开设SPOC课程进行线上学习,以及在线下教学中实施翻转课堂等教学形式,混合了自主、探究、合作、反思等多种学习方式。本文构建了《软件测试技术》课程SPOC混合学习模式,并进行了课程教学设计,教师能够运用SPOC混合学习模式加强学生对知识和技能的内化和巩固,全面提升了学生的知识技能水平和综合应用能力。 展开更多
关键词 SPOC MOOC 在线课程 混合式学习模式
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基于MGU的大规模IP骨干网络实时流量预测
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作者 郭芳 陈蕾 杨子文 《山东大学学报:工学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期88-95,共8页
为克服长短时记忆网络(long short-term memory, LSTM)计算成本相当大的弊端,提出基于最小门控单元(minimal gated unit, MGU)的大规模IP骨干网络实时流量预测方法。试验结果表明,与基于LSTM的流量预测方法相比,该方法以较少的模型训练... 为克服长短时记忆网络(long short-term memory, LSTM)计算成本相当大的弊端,提出基于最小门控单元(minimal gated unit, MGU)的大规模IP骨干网络实时流量预测方法。试验结果表明,与基于LSTM的流量预测方法相比,该方法以较少的模型训练时间获得了相当甚至略优的流量预测性能,在流量预测精度和实时性方面也优于已有的前馈神经网络(feed forward neural network, FFNN)和门控循环单元神经网络(gated recurrent unit, GRU)方法。 展开更多
关键词 网络流量预测 大规模IP骨干网 循环神经网络 LSTM MGU
基于Katz增强归纳型矩阵补全的基因-疾病关联关系预测 预览
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作者 浦建宇 陈蕾 邵楷 《计算机科学与探索》 CSCD 北大核心 2019年第7期1154-1164,共11页
基因-疾病关联关系预测已经成为当前生物医学研究的一个热点。现有的关联预测方法通常会遭受基因-疾病关联数据稀疏和PU(positive and unlabeled)问题的影响。基于以上不足,提出一种基于Katz增强归纳型矩阵补全的基因-疾病关联预测模型... 基因-疾病关联关系预测已经成为当前生物医学研究的一个热点。现有的关联预测方法通常会遭受基因-疾病关联数据稀疏和PU(positive and unlabeled)问题的影响。基于以上不足,提出一种基于Katz增强归纳型矩阵补全的基因-疾病关联预测模型。该模型由基于Katz方法的预估计和基于归纳型矩阵补全方法的精化估计两个步骤组成。具体地,先利用Katz方法基于基因-疾病异构网络对基因-疾病关联进行预估计,以期缓解关联数据稀疏和PU问题的影响。然而,受制于相似度网络的质量,Katz方法在预估计基因-疾病关联时不可避免地会引入一些噪声,为此,将弹性网正则化技术引入传统的归纳型矩阵补全模型以增强其鲁棒性,进而用改进的归纳型矩阵补全模型来精化基因-疾病关联预测效果。实验结果表明,与目前流行的基因-疾病关联预测方法相比,所提出的模型在查全率和查准率上均有显著提高,同时也能解决关联预测中常见的冷启动问题。 展开更多
关键词 基因-疾病关联预测 矩阵补全 异构信息网络 弹性网正则化 生物医学信息处理
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保留非全长读段的ISO-seq数据转录组表达分析 预览
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作者 刘学军 瞿锡垚 张礼 《数据采集与处理》 CSCD 北大核心 2019年第4期594-604,共11页
近年来,基于单分子测序技术的ISO-seq数据以其超长读段长度被越来越多地应用于转录组新型异构体预测研究,但目前大多数研究工作只用到全长读段数据,丢失了非全长读段数据中较多有用信息,因而数据没有得到充分利用。针对这一问题,本文在... 近年来,基于单分子测序技术的ISO-seq数据以其超长读段长度被越来越多地应用于转录组新型异构体预测研究,但目前大多数研究工作只用到全长读段数据,丢失了非全长读段数据中较多有用信息,因而数据没有得到充分利用。针对这一问题,本文在保留非全长读段的基础上提出了两个能同时预测异构体结构和计算其表达比例的模型基于狄利克雷采样的异构体探测与预测(Dirichletsampling for isoform detection and prediction,DSIDP)和基于马尔科夫链的异构体探测与预测(Markovchain for isoform detection and predition,MCIDP)。两个模型均从全长读段中建立异构体预测集,并采用全长读段和非全长读段计算异构体表达比例。DSIDP将所有读段比对至异构体预测集,并使用Dirichlet采样解决多源映射问题,MCIDP使用马尔科夫链模拟基因外显子之间的选择性剪切,该模型还能预测出数据中没有全长读段的异构体。本文采用模拟数据和真实数据验证了两个模型的有效性。 展开更多
关键词 PacBio ISO-seq 转录组表达 第三代测序技术 新型异构体检测 多源映射
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缓冲区溢出漏洞分析及防范策略 预览
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作者 华驰 鲁志萍 王可 《信息安全研究》 2019年第9期812-819,共8页
针对缓冲区溢出漏洞危害的广泛性和严重性,在研究缓冲区溢出漏洞原理的基础上,按照本地缓冲区溢出攻击和远程缓冲区溢出攻击2种方式分析了缓冲区溢出漏洞攻击方法,基于分析结果对2种溢出分别提出了缓冲区溢出漏洞的防范策略.实验证明:... 针对缓冲区溢出漏洞危害的广泛性和严重性,在研究缓冲区溢出漏洞原理的基础上,按照本地缓冲区溢出攻击和远程缓冲区溢出攻击2种方式分析了缓冲区溢出漏洞攻击方法,基于分析结果对2种溢出分别提出了缓冲区溢出漏洞的防范策略.实验证明:对于本地和远程缓冲区的防范策略可以有效解决缓冲区溢出漏洞带来的危害. 展开更多
关键词 缓冲区溢出漏洞 本地缓冲区 远程缓冲区 防范策略 SHELLCODE
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